Арабское завоевание
В 639–642 годах Египет был завоёван арабскими мусульманскими войсками. Новым административным центром стал Фустат, расположенный рядом с территорией будущего Каира. Ислам и арабский язык распространялись постепенно на протяжении столетий. Христианские общины сохранялись; история Египта этого времени включает взаимодействие разных религиозных и языковых сообществ.
Фатимиды и Каир
В 969 году Египет завоевала династия Фатимидов, основавшая Каир к северу от Фустата. Город стал столицей их государства и важным центром торговли, религиозной жизни и образования. Основанная в этот период мечеть аль-Азхар со временем превратилась в один из известных центров исламской учёности.
Айюбиды и мамлюки
В XII веке власть перешла к Айюбидам, династии, связанной с Салах ад-Дином. В 1250 году установилась власть мамлюков — военных, происходивших из системы несвободной военной службы. Мамлюкский султанат управлял Египтом и Сирией до 1517 года. Каир оставался важным узлом торговли между Средиземноморьем и Индийским океаном; мечети, медресе и мавзолеи этого времени до сих пор формируют облик исторического города.
Османская власть
В 1517 году Египет вошёл в состав Османской империи. Османские наместники управляли провинцией, но местные мамлюкские группы сохранили значительное влияние. Власть между центром и местными элитами менялась со временем. В 1798 году в Египет вторглась армия Наполеона; французская оккупация завершилась в 1801 году.